La metagenómica es una disciplina de investigación que utiliza métodos de biología molecular para adquirir, analizar e interpretar datos de secuencia y/o datos funcionales de los metagenomas (la colectividad de genomas) presentes en las muestras ambientales, sin la necesidad de cultivar los organismos en las muestras. Metodologías relacionadas son las llamadas metatranscriptómica y metaproteómica que se centran en los transcriptomas y proteomas colectivos, respectivamente, en lugar de en los genomas (Liebl, 2011).